1952 metais Klaipėdos respublikinės ligoninės bazėje buvo atidarytas kraujo perpylimo skyrius.
1983 metų sausio 27 dieną Klaipėdos miesto Liaudies deputatų tarybos Vykdomojo komiteto potvarkiu Nr. 26p buvo patvirtinti Klaipėdos miesto kraujo perpylimo stoties etatai ir leista naudotis antspaudu “LTSR Klaipėdos miesto LDT Vykdomojo komiteto sveikatos apsaugos skyriaus Kraujo perpylimo stotis”. Vyriausiąja gydytoja paskirta Olga Akinfejeva.
1984 metų kovo 5 dieną po statybos ir remonto darbų buvo atidaryta nauja Klaipėdos miesto kraujo perpylimo stotis, kurios adresas – Naikupės (tada buvęs pavadinimas – Nachimovo) g. 28.
1988 metais stotyje dirbo iš viso 62 darbuotojai, buvo paimta 10621 neatlygintina ir 3418 atlygintinų donacijų, paruošta 6402,5 litro konservuoto kraujo ir 454,6 litro kraujo be hemokonservanto. Įdomu pažymėti, kad neatlygintinas donoras kraujo davė vidutiniškai tik 377 ml, o atlygintinas – 457 ml, 12,95 litro nekonservuoto kraujo buvo panaudota tiesioginiams kraujo perpylimams. Stotyje buvo gaminama eritrocitų masė, trombocitų masė, natyvinė plazma bei standartiniai serumai AB0 ir Rh(D) kraujo grupių nustatymui. Iš 113 imuninių donorų kraujo buvo gaminama antistafilokokinė, antihemofilinė, hiperimuninė ir antirezus plazma. Dažniausia kraujo broko priežastis – nustatytas australietiškasis antigenas.
LTSR Sveikatos apsaugos ministerijos 1988 metų gruodžio 16 dienos įsakymu Nr. 297 “Dėl Klaipėdos miesto kraujo perpylimo stoties perdavimo” nuo 1989 metų sausio 1 dienos Respublikinei kraujo perpylimo stočiai buvo perduota visa Klaipėdos miesto kraujo perpylimo stoties buhalterinės, statistinės ir medicininės apskaitos bei ūkinės – finansinės veiklos dokumentacija. Klaipėdos miesto kraujo perpylimo stotis nuo 1989 metų sausio 1 dienos tapo Respublikinės kraujo perpylimo stoties Klaipėdos filialu. 1990 metų sausio 1 dieną darbą pradėjo vyriausioji buhalterė Genovaitė Ringienė.
LTSR Sveikatos apsaugos ministerijos 1990 metų sausio 31 dienos įsakymu Nr. 37 Respublikinės kraujo perpylimo stoties Klaipėdos filialo pavadinimas nuo 1990 metų sausio 1 dienos buvo pakeistas į “Klaipėdos kraujo perpylimo stotis”.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1990 metų rugsėjo 28 dienos nutarimu Nr. 298 “Dėl įmonių, įstaigų ir organizacijų priskyrimo savivaldybių vietiniam ūkiui” Klaipėdos kraujo perpylimo stotis priskiriama Klaipėdos miesto vietiniam ūkiui.
Klaipėdos miesto mero 1992 metų sausio 7 dienos potvarkiu Nr. 10 nuo 1992 metų sausio 1 dienos Klaipėdos kraujo perpylimo stoties pavadinimas buvo pakeistas į ”Lietuvos Respublikos Klaipėdos miesto valdybos sveikatos skyriaus Klaipėdos kraujo centras”.
Klaipėdos miesto valdybos sveikatos reikalų tvarkytojo 1993 metų rugsėjo 27 dienos įsakymu Nr. 26-K nuo 1993 metų rugsėjo 28 dienos pervedimo tvarka Klaipėdos kraujo centro direktoriaus pareigas pradėjo eiti Alfridas Bumblys.
Remiantis Lietuvos Respublikos Sveikatos priežiūros biudžetinių įstaigų reorganizavimo į valstybės ir savivaldybių sveikatos priežiūros viešąsias įstaigas įstatymu, Klaipėdos kraujo centro pavadinimas pakeičiamas į Viešoji įstaiga Klaipėdos kraujo centras, kuri 1997 metų gruodžio 23 dieną įregistruojama Klaipėdos miesto savivaldybėje (Reg. Nr. VŠ 97-16, į.k. 9047097).
LR Sveikatos apsaugos ministerijos 1997 metų rugsėjo 1 dienos įsakymu Nr. 455 “Dėl įstaigų pavaldumo”, Klaipėdos kraujo centras įtrauktas į LR Sveikatos apsaugos ministerijai pavaldžių įstaigų sąrašą.
1997 metų gruodžio 19 dieną LR Valstybiniame patentų biure buvo įregistruotas firmos vardas “Viešoji įstaiga Klaipėdos kraujo centras”, išduotas firmos vardo liudijimas Nr. 060513.
LR Sveikatos apsaugos ministerijos 1998 metų gegužės 8 dienos įsakymu Nr. 242 “Dėl sveikatos priežiūros įstaigų, jų materialinių ir finansinių išteklių perdavimo apskričių viršininkų administracijoms” VšĮ Klaipėdos kraujo centras buvo perduota Klaipėdos apskrities viršininko administracijai.
2000 metų kovo 31 dieną Valstybinė akreditavimo sveikatos priežiūros veiklai tarnyba prie Sveikatos apsaugos ministerijos leidžia VšĮ Klaipėdos kraujo centrui (kodas 9047097), registruotam ir veikiančiam Naikupės g. 28, Klaipėdoje, užsiimti kraujo donorystės įstaigų veikla.
2000 metais centre dirbo iš viso 31 darbuotojas, buvo paimta 228 neatlygintinos ir 8236 atlygintinos donacijos, paruošta 4349,7 litro konservuoto kraujo. Buvo gaminama eritrocitų masė, eritrocitai, užpilti fiziologiniu tirpalu, trombocitų koncentratas, natyvinė plazma, šviežiai šaldyta plazma, plazmaferezės būdu paruošta neimuninė plazma, krioprecipitatas bei standartinis serumas AB0 kraujo grupių nustatymui.
Klaipėdos apskrities viršininko 2003 metų vasario 20 dienos įsakymu Nr. K-37 nuo 2003 metų vasario 24 dienos VšĮ Klaipėdos kraujo centro direktoriumi buvo paskirtas Bronius Pliuškys.
LR Sveikatos apsaugos ministro ir Klaipėdos apskrities viršininko 2003 metų lapkričio 12 dienos įsakymu ”Dėl viešųjų įstaigų Vilniaus kraujo centro ir Klaipėdos kraujo centro reorganizavimo projekto patvirtinimo”, nuo 2005 metų rugsėjo 1 dienos buvo įkurtas VšĮ Nacionalinis kraujo centras Klaipėdos filialas.